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Desde el mismo nacimiento, los manantiales y arroyos ya muestran una flora y fauna asociada a sus características hidrológicas, litológicas y al clima. Aunque las aguas son frías y aún arrastran pocos sedimentos y nutrientes, ya aparecen algunas especies de musgos y hepáticas.

Aguas abajo de la cabecera, los arroyos discurren generalmente con pendientes muy fuertes arrastrando sedimentos y nutrientes, condiciones que dificultan el asentamiento de la flora y la fauna. A medida que se desciende por el curso alto se van agregando más plantas superiores, son frecuentes las comunidades de plantas megafórbicas de exuberante follaje a base de hojas grandes y anchas.

Algunas aves y mamíferos, sin ser estrictamente acuáticos, han vinculado su vida a estas zonas del río, ejemplos de ello son el mirlo acuático, el desmán y la nutria (Lutra lutra), siendo esta última de gran interés especial y revelando una buena salud del río y de las aguas en las que se encuentra. Los vertidos industriales, urbanos y mineros poco controlados en el pasado, la hicieron abandonar los tramos bajos y medios del río, permaneciendo en los cursos altos y limpios.

A continuación se citan las especies animales y vegetales más comunes en la parte alta de los cauces:

  • Marsupella aquatica
  • Nardia compressa
  • Philonotis seriata
  • Saxífraga dorada
  • Saxifraga stellaris
  • Centella Caltha palustre
  • Algas azules: como las del género Nostoc
  • Plantas megafórbicas: Valeriana mayor, Valeriana pyrenaica y la Adenostyles alliariae
  • Arbusto endémico de la Cordillera Cantábrica, la salguera cantábrica (Salix Cantabrica)
  • Sauces ribereños, sarga de hoja estrecha (Salix eleagnos) y la salguera negra (Salix atrocinerea)
  • Bosque de montaña: hayedos, robledales y abedulares
  • Bosque de ribera: fresnos, arces, avellanos, olmos y hayas, pudiendo aparecer algún roble albar, abedul y acebo
  • Ranas bermejas, tritón alpino, tritón palmeado o el ibérico
  • Mirlo acuático (Cinclus cinclus)
  • Topo de agua, almizclero o desmán (Galemys pyrenaicus)
  • Nutria (Lutra lutra)
  • Visón europeo (Mustela lutreola)
  • Peces: trucha común (Salmo trutta)
  • Cangrejos de río autóctonos (Austropotamobius pallipes lusitanicus)
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