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Si en el curso medio abundan los fondos de gravas y guijarros, en este tramo predomina la sedimentación de los materiales trasportados. Por otro lado, la oxigenación del agua es menor, aunque en parte esté compensada por la actividad fotosintética de las plantas acuáticas. La temperatura es algo mayor que en los tramos precedentes. La materia orgánica que llega, viene ya en partículas disueltas, incorporándose al fondo de lodo y fango, poco oxigenado. En estas condiciones el lecho del río está colonizado por invertebrados detritívoros que junto a unos pocos predadores, ocupan el tramo bajo de los ríos desapareciendo prácticamente los ramoneadores y filtradores. La reducción de pendiente y la velocidad facilita la proliferación de esta fauna que sirve de alimento a numerosas aves.

Además, cuando el río va llegando a las proximidades del mar aparece otro interesante fenómeno de gran importancia natural: dos veces al día, en la pleamar, las aguas marinas invaden el cauce fluvial, enfrentándose ambas corrientes y entremezclándose gradualmente sus aguas. La vegetación del curso bajo se corresponde en líneas generales, con la descrita en el tramo medio, pero sin embargo, cuando el río crea pantanos adyacentes a su curso, la aliseda adopta un aspecto más singular. El antiguo cauce puede quedar separado del flujo principal del río, aunque este sigue aportándole agua y manteniéndolo encharcado, la aliseda pantanosa que aquí se desarrolla se caracteriza por una peculiar morfología, quedan al aire las raíces de los alisos.

Otros árboles y arbustos presentes son la salguera cenicienta (Salix atrocinerea), el abedul (Betula celtiberica), el arraclán (Frangula agnus), etc.

La abundancia de vida que se localiza en las riberas de las vegas fluviales y estuarios facilita la presencia diversos carnívoros.

En cuanto a la vida piscícola, se encuentra la lamprea y el salmón, los cuales nacen y se reproducen en el río, engordando y creciendo en el mar, mientras la anguila (Anguilla anguilla), invierte esas conductas, naciendo y reproduciéndose en el mar y creciendo en el río.

A continuación se citan las especies animales y vegetales más comunes en la parte baja de los cauces:

  • La avoceta (Recurvirostra aboceta)
  • Andarríos chico (Actitis hypoleucos)
  • Garza real (Ardea cinerea)
  • Rana de San Antón (Hyla arborea), especie clasificada como especie vulnerable
  • Rana verde ibérica (Rana perezi)
  • Zorro (Vulpes vulpes)
  • Garduña (Martes foina)
  • Armiño (Mustela erminea)
  • Hurón (Putorius putorius)
  • Peces: La lamprea marina (Petromyzon marinus), salmón, anguila
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